El museo inaugurado en el 24 de enero del 2003, se encuentra dentro del Complejo Arqueológico Maranga, escenario de uno de los procesos culturales prehispánicos de gran relevancia en la Costa Central peruana y debe su nombre al médico y antropólogo alemán Ernst Wilhem Middendorf, uno de los primeros viajeros que exploraron el área y dio a conocer su riqueza arqueológica. La primera exposición “Marai, Malanca, Maranga” incluía diversos objetos arqueológicos correspondientes a las culturas Lima, Ichma e Inca, que ocuparon esta parte del valle del Rímac entre los años 200 a.C. y 1532 d.C. Consta de dos salas de exposición permanente referidas respectivamente a la arquitectura y los artefactos y una sala temporal. Los fondos museográficos están conformados por más de más de setecientos bienes arqueológicos procedentes de las excavaciones realizadas en el marco del programa de investigación arqueológica que desarrolla la Unidad de Arqueología del Parque de las Leyendas, tales como cerámica, textiles, lítico, metal, mate, artefactos elaborados en madera, concha, hueso y otros materiales orgánicos. Tanto las salas de exposición y la muestra permanente del museo fueron renovadas para incorporar los últimos descubrimientos arqueológicos realizados en el área. Dentro del programa de extensión cultural se realizan diferentes actividades orientadas a contribuir a la conservación, sensibilización y difusión del patrimonio cultural como talleres especializados, cursos, ciclos de conferencias, simposios, exposiciones temporales y actividades educativas.