Ubicado en el histórico Palacio de la Exposición, el 10 de marzo de 1961 se inauguró oficialmente las salas de exposición permanente. El museo alberga colecciones que explican la historia del arte peruano: arte precolombino, colonial, de los siglos XIX y XX y contemporáneo. Asimismo, alberga colecciones de fotografía, platería colonial y republicana.

El conjunto monumental que integra el Convento de San Francisco de Jesús El Grande de Lima se empezó a construir en el año 1546 y fue inaugurado en 1672, como sede principal de la Provincia Franciscana de los XII Apóstoles del Perú que regía todo el Virreinato. Está declarado como Patrimonio Cultural de la Nación.