El conjunto monumental que integra el Convento de San Francisco de Jesús El Grande de Lima se empezó a construir en el año 1546 y fue inaugurado en 1672, como sede principal de la Provincia Franciscana de los XII Apóstoles del Perú que regía todo el Virreinato. Está declarado como Patrimonio Cultural de la Nación.
El museo fue creado el 15 de diciembre de 1959 y ocupa parte de la edificación de estilo medieval conocida como Castillo Rospigliosi, construida en el año 1929 durante el gobierno de Augusto B. Leguía. Sus instalaciones cuentan con diversos ambientes expositivos en el primer y segundo nivel, teniendo como objetivo central preservar y difundir documentos y materiales que fomenten el conocimiento de la historia aeronáutica nacional y mundial. Los fondos museográficos están conformados por bienes históricos.