El museo fue creado el 15 de diciembre de 1959 y ocupa parte de la edificación de estilo medieval conocida como Castillo Rospigliosi, construida en el año 1929 durante el gobierno de Augusto B. Leguía. Sus instalaciones cuentan con diversos ambientes expositivos en el primer y segundo nivel, teniendo como objetivo central preservar y difundir documentos y materiales que fomenten el conocimiento de la historia aeronáutica nacional y mundial. Los fondos museográficos están conformados por bienes históricos.

El Lugar de la Memoria, la Tolerancia y la Inclusión Social (LUM) fue inaugurado el 17 de diciembre de 2015. Es un espacio del Ministerio de Cultura que ofrece actividades culturales, de aprendizaje, investigación y conmemoración para dialogar en torno a temas de derechos humanos, enfocándose en el periodo de violencia 1980-2000 en el Perú, iniciado por los grupos terroristas. El LUM promueve un juicio crítico y objetivo hacia discursos violentistas que vulneren la integridad de la persona.

Debe su nombre a la famosa escultora Marina Núñez del Prado, nacida el 17 de octubre de 1910 en La Paz, Bolivia, quién en la década del setenta instaló su residencia y taller en pleno corazón del Bosque El Olivar de San Isidro. Esta casa de estilo neocolonial, fue adquirida en 1973, de propiedad de Luis Alayza y Paz Soldán, siendo la primera casa de El Olivar declarada Patrimonio Cultural de la Nación. En ella se honra su memoria. Cuenta con diversas salas de exposición permanente y una sala temporal.

La Casa de la Gastronomía Peruana fue creada el 24 de marzo de 2011 con el objetivo de fortalecer nuestra identidad y el turismo gastronómico, en beneficio de agricultores, productores, emprendedores, innovadores y poblaciones vulnerables. La sala permanente narra nuestra historia gastronómica desde las primeras civilizaciones hasta la actualidad a través de recreaciones, réplicas, videos, infografías y exquisitas piezas del XIX y XX, obras de Primitivo Evanan, Tater Vera, menaje de la Casa Koniglich, entre otros.