El museo fue inaugurado el 10 de noviembre de 1986 al cumplirse el sesquicentenario del natalicio de Andrés Avelino Cáceres. Después de 21 años, mediante un convenio suscrito entre la Municipalidad Distrital de Miraflores y el Ejército del Perú, se trasladaron los bienes y el título de museo al nuevo local ubicado en el Parque Reducto N° 2 de Miraflores; cuyo diseño es una réplica de la antigua estación de tren de este distrito.

El Museo Nacional del Perú – MUNA es una de las obras más emblemáticas del Estado Peruano realizada por el Ministerio de Cultura. En el año 2014, el Ministerio de Cultura lanzó el concurso de ideas arquitectónicas para el MUNA, y a partir de esta iniciativa, en el 2016 se empezó a construir el edificio. Como parte de este largo camino, el 29 de diciembre del 2020, a través del Decreto Supremo Nº 018-2020-MC, el Señor Presidente de la República, Francisco Sagasti Hochhausler, formalizó la creación del Museo Nacional del Perú, cumpliendo un largo anhelo republicano.