El museo forma parte del Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, ubicado en el antiguo Hospital Santo Toribio de Mogrovejo en Barrios Altos, fue inaugurado el 26 de agosto de 1997. Surgió de la necesidad de complementar académicamente la formación de estudiantes de medicina, escolares y universitarios. Constituye un escenario de aprendizaje en neurociencias y es reconocido como el único en su género en Latinoamérica.