El museo fue creado en el año 2012 y forma parte del inmueble histórico Bodega y Quadra, declarado Patrimonio Cultural de la Nación. Comprende uno de los más importantes yacimientos arqueológicos del periodo virreinal descubierto en los últimos años en el centro histórico de Lima. Debe su nombre al marino y explorador Juan Francisco de la Bodega y Quadra, propietario del predio. Consta de siete salas de exposición permanente.

El Museo Raimondi es una institución dedicada a cautelar, investigar y promover la obra y legado del científico más importante Perú del siglo XIX: el italiano Antonio Raimondi. Sus colecciones están integradas por documentos (acuarelas, dibujos, manuscritos, mapas, entre otros), así como objetos personales del sabio, donados por la comunidad italiana del Perú en los últimos noventa años. Desde su fundación en 1930, el colegio italiano Antonio Raimondi fue visto por esta comunidad —así como por connacionales— como el depositario institucional de las reliquias del naturalista milanés.

El Museo Municipal del Distrito de Puente Piedra, creado con Ordenanza N° 416-MDPP de fecha 21 de julio del 2022, funciona en el primer piso del Palacio de la Cultura de la Municipalidad Distrital de Puente Piedra, ubicado en la av. San Lorenzo 426. Exhibe una colección de réplicas de los bienes culturales muebles arqueológicos recuperados durante los trabajos de instalaciones de redes de gas natural, con la finalidad de promover la protección y difusión del patrimonio cultural de Lima Norte

El museo forma parte de las instalaciones del Edificio Leguía del Parque de la Amistad en Surco, se inauguró el 9 de diciembre del 2020, e inició sus actividades presenciales al público en junio de 2021. Es de formato hiperrealista y cuenta con tres salas interactivas en donde se relatan, paso a paso, los acontecimientos de la batalla de Arica, durante la guerra del Pacífico.