El museo forma parte del Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, ubicado en el antiguo Hospital Santo Toribio de Mogrovejo en Barrios Altos, fue inaugurado el 26 de agosto de 1997. Surgió de la necesidad de complementar académicamente la formación de estudiantes de medicina, escolares y universitarios. Constituye un escenario de aprendizaje en neurociencias y es reconocido como el único en su género en Latinoamérica.

El museo fue creado en el año 2018 y cuenta con tres salas de exposición permanente y una sala de usos múltiples. Los fondos museográficos están conformados por bienes arqueológicos de cerámica de diversas culturas prehispánicas que se desarrollaron en el Perú, pertenecientes a la colección prehispánica de la Municipalidad Metropolitana de Lima. Culturas como Moche, Nasca, Lambayeque, Chimú, entre otras, pueden apreciarse en sus salas. Dentro del programa de extensión educativa, el museo realiza talleres educativos y campañas de sensibilización del patrimonio cultural.

El museo fue creado en el año 2012 y forma parte del inmueble histórico Bodega y Quadra, declarado Patrimonio Cultural de la Nación. Comprende uno de los más importantes yacimientos arqueológicos del periodo virreinal descubierto en los últimos años en el centro histórico de Lima. Debe su nombre al marino y explorador Juan Francisco de la Bodega y Quadra, propietario del predio. Consta de siete salas de exposición permanente.