El museo fue inaugurado el 14 de setiembre del año 2013. Resguarda y expone bienes culturales arqueológicos procedentes de proyectos de investigación arqueológica realizados en los sitios arqueológicos Plaza Kancha, Watoqto y Ninamarka, importantes asentamientos de época Inca ubicados en la provincia de Paucartambo, así como diversos bienes de cerámica y textil producidos por las comunidades actuales.

El Museo Amazónico Andino fue creado en el 2008 y se tipifica como un museo regional temático. Muestra la red vial andina, como eje central de la exposición permanente e incluye contenidos relacionados a la geografía y biodiversidad de las zonas ancestrales habitadas dentro de la provincia, como las culturas vivas contemporáneas que actualmente habitan en el territorio amazónico andino.