En el año 2002 se concibió el proyecto del Museo Inkariy con una visión panorámica del Perú prehispánico con proyección a lo contemporáneo, poniendo énfasis en el factor humano de las sociedades y complementar la memoria de los peruanos sobre los logros tecnológicos de nuestros antepasados como herencia cultural, a través de la historia y tradiciones, de un lenguaje moderno y Accesible para su puesta en valor. Los fondos museográficos están conformados principalmente por bienes arqueológicos y etnográficos.
El Museo Histórico Regional, Casa del Inca Garcilaso de la Vega, fue creado el 1 de marzo de 1967, ofrece a sus visitantes trece salas de exhibición permanente y una sala de exposición temporal; dividido en dos niveles, el museo presenta en el primer nivel un total de seis salas de exhibición con material arqueológico correspondiente a diferentes desarrollos culturales presentes en el valle del Cusco. El segundo nivel del museo exhibe siete salas con bienes histórico artísticos y etnográficos.
La creación del museo surge hacia la década de 1960 - 1970 por iniciativa del Dr. Manuel Chávez Ballón, y luego de diferentes procesos de remodelación se concreta su reapertura con un nuevo enfoque museográfico el 25 de julio de 2005.
El museo fue creado en 1996, cuenta con dos amplios ambientes donde se exponen metales, cerámica ceremonial y utilitaria, morteros y una escultura en forma de puma que provienen de las investigaciones arqueológicas desarrolladas en la zona; asimismo, posee una colección etnográfica conformada por instrumentos de labranza, textiles y vestimenta típica de la región, además de pintura colonial de los siglos XVII y XVIII.
El museo fue inaugurado el 14 de setiembre del año 2013. Resguarda y expone bienes culturales arqueológicos procedentes de proyectos de investigación arqueológica realizados en los sitios arqueológicos Plaza Kancha, Watoqto y Ninamarka, importantes asentamientos de época Inca ubicados en la provincia de Paucartambo, así como diversos bienes de cerámica y textil producidos por las comunidades actuales.
El Museo Amazónico Andino fue creado en el 2008 y se tipifica como un museo regional temático. Muestra la red vial andina, como eje central de la exposición permanente e incluye contenidos relacionados a la geografía y biodiversidad de las zonas ancestrales habitadas dentro de la provincia, como las culturas vivas contemporáneas que actualmente habitan en el territorio amazónico andino.