El museo se inauguró el 14 de noviembre de 1958, siendo su fundador y primer director el Capitán de Navío Julio José Elías Murguía.
La Fortaleza del Real Felipe es un complejo arquitectónico histórico militar construido en la bahía del Callao con fines defensivos contra los ataques de piratas y corsarios, durante el ejercicio de los Virreyes José Antonio Manso de Velasco y Manuel Amat y Juniet. Está ubicada en la Plaza Independencia y ocupa una superficie en forma de pentágono de 70000 m2 y presenta un perímetro de 1586 m.