El Museo de Sitio Pucllana, inaugurado en 1984, alberga una colección de bienes culturales producto de las excavaciones arqueológicas realizadas desde el año 1981 por el Proyecto de Investigación, Conservación y Puesta en Valor Huaca Pucllana, dirigido por la Dra. Isabel Flores Espinoza hasta el año 2020. Desde el año 2005, la administración de los recursos financieros autogenerados por la institución ha sido delegada por el Ministerio de Cultura, mediante un convenio interinstitucional, a la Municipalidad de Miraflores.

El moderno Museo Pachacamac, reinaugurado en el año 2016, brinda información y
expone su importante colección, procedente de las investigaciones realizadas en el
santuario arqueológico. Destacan diferentes objetos de las culturas Lima, Wari, Ychma
e Inca, y especialmente el Ídolo de Pachacamac, como pieza emblemática.

El Museo de Sitio Huallamarca, inaugurado el 11 de agosto de 1960, alberga, conserva y expone una colección que data del Periodo Formativo (200 a. C.) hasta el Periodo Inca (1100 d. C.). Fueron casi 1300 años de ocupación del lugar y parte de sus evidencias materiales provienen de contexto funerarios hallados en el monumento y alrededores. Estos objetos forman parte de colecciones de material orgánico, textil, cerámico, lítico, mineral, óseo humano y animal.

El museo inaugurado en el 24 de enero del 2003, se encuentra dentro del Complejo Arqueológico Maranga, escenario de uno de los procesos culturales prehispánicos de gran relevancia en la Costa Central peruana y debe su nombre al médico y antropólogo alemán Ernst Wilhem Middendorf, uno de los primeros viajeros que exploraron el área y dio a conocer su riqueza arqueológica. La primera exposición “Marai, Malanca, Maranga” incluía diversos objetos arqueológicos correspondientes a las culturas Lima, Ichma e Inca, que ocuparon esta parte del valle del Rímac entre los años 200 a.C. y 1532 d.C.

El museo creado en 1997 se encuentra ubicado en la cima del Cerro San Cristóbal, junto a la cruz erigida en el lugar. La sala ofrece una exposición de fotografías inéditas de Lima desde principios de siglo XIX. En las imágenes se pueden observar a los gestores de la cruz, los sacerdotes Francisco Aramburú y Francisco Javier Ampuero, así como algunas imágenes tomadas por los fotógrafos Courret y Garreud.

Fundado el 24 de diciembre de 1960 por el Doctor Arturo Jiménez Borja. Expone bienes culturales de la vivencia de los habitantes del Curacazgo de Lati, épocas Ychsma e Inca, siglos XII - XVI. Resalta el tocado de Puruchuco vocablo quechua que significa “sombrero de plumas”, los quipus y la construcción del Palacio elaborado de adobe y tapia, vivienda de la máxima autoridad local.

Museo universitario fundado en el año 1991 con el fin de albergar las colecciones científicas de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Ricardo Palma. Busca generar y compartir el conocimiento sobre la biodiversidad del pasado y el presente a través de la evolución, promoviendo el interés por la comprensión de las ciencias, y sensibilizar a la comunidad en general sobre la importancia de la conservación del medio ambiente y el patrimonio natural.