El 28 de octubre de 1942, el Estado peruano mediante Decreto Ley N° 9636 declaró al Balcón de Huaura como Monumento Histórico de la Nación, en reconocimiento que desde ese recinto histórico el 27 de noviembre de 1820 se dio el primer grito de libertad de la Independencia del Perú, iniciando así el Generalísimo Don José de San Martín, la gesta independentista de nuestro país, estableciendo el cuartel general en este inmueble histórico. El museo fue inaugurado el 6 de setiembre del año 1974 y cuenta con ocho salas de exposición permanente.

Esta casa de principios del siglo XX, fue el espacio familiar donde vivió y trabajó el escritor José Carlos Mariátegui los últimos cinco años de su vida. Conserva parte del mobiliario, documentos, libros, objetos personales, el denominado “Rincón Rojo” y las oficinas de la revista Amauta. En la pinacoteca de retratos del escritor, se encuentra la obra de Julia Codesido y del argentino Emilio Pettoruti, entre otros artistas nacionales y extranjeros. La casa fue declarada Monumento Histórico Nacional en 1972.

El museo fue creado en el año 1999 con la finalidad de poner en valor la imagen del Diario Oficial El Peruano, como el medio periodístico más antiguo de Latinoamérica.

El Museo de Sitio Pucllana, inaugurado en 1984, alberga una colección de bienes culturales producto de las excavaciones arqueológicas realizadas desde el año 1981 por el Proyecto de Investigación, Conservación y Puesta en Valor Huaca Pucllana, dirigido por la Dra. Isabel Flores Espinoza hasta el año 2020. Desde el año 2005, la administración de los recursos financieros autogenerados por la institución ha sido delegada por el Ministerio de Cultura, mediante un convenio interinstitucional, a la Municipalidad de Miraflores.

El moderno Museo Pachacamac, reinaugurado en el año 2016, brinda información y
expone su importante colección, procedente de las investigaciones realizadas en el
santuario arqueológico. Destacan diferentes objetos de las culturas Lima, Wari, Ychma
e Inca, y especialmente el Ídolo de Pachacamac, como pieza emblemática.

El Museo de Sitio Huallamarca, inaugurado el 11 de agosto de 1960, alberga, conserva y expone una colección que data del Periodo Formativo (200 a. C.) hasta el Periodo Inca (1100 d. C.). Fueron casi 1300 años de ocupación del lugar y parte de sus evidencias materiales provienen de contexto funerarios hallados en el monumento y alrededores. Estos objetos forman parte de colecciones de material orgánico, textil, cerámico, lítico, mineral, óseo humano y animal.

El museo inaugurado en el 24 de enero del 2003, se encuentra dentro del Complejo Arqueológico Maranga, escenario de uno de los procesos culturales prehispánicos de gran relevancia en la Costa Central peruana y debe su nombre al médico y antropólogo alemán Ernst Wilhem Middendorf, uno de los primeros viajeros que exploraron el área y dio a conocer su riqueza arqueológica. La primera exposición “Marai, Malanca, Maranga” incluía diversos objetos arqueológicos correspondientes a las culturas Lima, Ichma e Inca, que ocuparon esta parte del valle del Rímac entre los años 200 a.C. y 1532 d.C.

El museo creado en 1997 se encuentra ubicado en la cima del Cerro San Cristóbal, junto a la cruz erigida en el lugar. La sala ofrece una exposición de fotografías inéditas de Lima desde principios de siglo XIX. En las imágenes se pueden observar a los gestores de la cruz, los sacerdotes Francisco Aramburú y Francisco Javier Ampuero, así como algunas imágenes tomadas por los fotógrafos Courret y Garreud.