Este museo fue inaugurado el 31 de marzo de 1986 y forma parte del Conjunto Monumental Belén, edificio de época virreinal construido en mampostería de piedra por la Orden Betlehemita en los primeros años del siglo XVlll y conserva parte de pintura mural policroma con diseños de imágenes religiosas, flores y líneas. Cuenta con dos salas de exposición permanente una arqueológica y otra etnográfica y dos salas temporales. Los fondos museográficos están conformados por bienes culturales de época prehispánica como cerámica, textiles, restos humanos, cráneos con deformación artificial, líticos, metal, óseo, cestería, entre otros. Los bienes etnográficos incluyen objetos originales y réplicas vinculadas a las actividades económicas y tradicionales cajamarquinas, entre ellas las herramientas agrícolas, telar de cintura, pigmentos naturales para el teñido, vestimenta femenina, cerámica, utensilios domésticos de madera y cestería, lapidaria, monturas de cuero. Son muy vistosas las muestras de la panadería y dulcería tradicional, los juegos infantiles, las máscaras del famoso carnaval y los instrumentos musicales típicos de la región. Las salas de exposición temporales exhiben los resultados de las investigaciones arqueológicas de la Misión Japonesa en Cajamarca, y los disfraces confeccionados por cuatro barrios tradicionales para el famoso Carnaval Cajamarquino.