La construcción del templo se inició entre los años 1568 y 1576 y concluyó en el año 1620. Tiene una nave de grandes proporciones en forma de cruz latina, puerta lateral, puerta principal y depósito. Desde 1989 empezó a funcionar como museo, conservando mobiliario religioso, retablos, esculturas, púlpito y pinturas de los siglos XVII y XVIII que mantienen su ubicación original. Posee igualmente la pintura mural con motivos religiosos más antigua de la región. Uno de los lienzos que expone el museo es la Coronación de la Virgen por la Santísima Trinidad, atribuido a Bernardo Bitti.

El museo fue creado en 1999 y expone bienes culturales recuperados durante la década de 1970 en la zona arqueológica Pukara. La colección está compuesta especialmente por estelas de granito y monolitos de figuras zoomorfas y antropomorfas de diversos formatos correspondientes a la cultura Pukara.

La Asociación Yavarí fue creada en el año 1987 para restaurar la antigua nave de hierro y crear el primer buque museo en el país, que con su gemelo el Yapura, fueron ensamblados en Inglaterra en 1862 a pedido del Mariscal Ramón Castilla, presidente de la República del Perú. Los trabajos de conservación y restauración permitieron devolverle su condición original. El museo muestra la historia de esta nave y de la flota del Lago Titicaca del siglo XIX y principios del siglo XX.