Su construcción se inició entre los años 1567 y 1576 y concluyó en 1602. Su portada monumental de estilo barroco andino es un ejemplo de la arquitectura del Altiplano por las columnas decoradas con estilizaciones de fauna y flora. El museo empezó a funcionar desde 1989 y conserva retablos, esculturas y pinturas de los siglos XVII y XVIII que mantienen su espacio original. Las pinturas forman parte de las series de San Juan Bautista y Santa Teresa de Jesús.