| Nombre del Museo | Institución | Administración | Región | Resolución de Incorporación | Fecha de Incorporación |
|---|---|---|---|---|---|
| Museo del Cerebro | Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas | Pública | Lima | RD N° 0020-2023-DGM/MC | 22/02/2023 |
| Museo Contemporáneo Chavín de Huántar | Ejército del Perú | Pública | Lima | RD N° 0060-2023-DGM/MC | 13/06/2023 |
| Museo Municipal del Distrito de Puente Piedra | Municipalidad Distrital de Puente Piedra | Pública | Lima | RD N° 053-2022-DGM/MC | 12/09/2022 |
| Museo Nacional del Perú-MUNA | Ministerio de Cultura | Pública | Lima | Decreto Supremo N° 18-2020-MC | 28/12/2020 |
| Lugar de la Memoria “Yalpana Wasi Wiñay Yalpanapa” | Gobierno Regional de Junín | Privada | Junín | Resolución Directoral N° 120-2020-DGM/MC | 29/12/2020 |
| Museo Inkariy | - | Privada | Cusco | Resolución Ministerial N° 335-2019-MC | 18/08/2019 |
| Lugar de la Memoria, La Tolerancia y La Inclusión Social | Ministerio de Cultura | Pública | Lima | Resolución Ministerial N° 304-2018-MC | 03/08/2018 |
| Museo Nacional Chavín | Ministerio de Cultura | Pública | Áncash | Resolución Directoral Nacional N°1263/INC | 15/09/2008 |
| Museo de Sitio "Ernst W. Middendorf" | Patronato del Parque de las Leyendas | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional Nº 1702/INC | 13/10/2006 |
| Museo Contisuyo | Asociación Contisuyo | Pública | Moquegua | Resolución Directoral Nacional Nº1985/INC | 29/11/2006 |