El Museo Leymebamba se inauguró en junio del 2000 como resultado de la necesidad de generar las condiciones técnicas y ambientales para la investigación, conservación y preservación de los fardos funerarios y otros materiales arqueológicos recuperados por el Centro Mallqui en la Laguna de los Cóndores en el marco del proyecto de emergencia realizado en 1997. La edificación del museo es el resultado de la gestión de la comunidad local y el apoyo internacional.