| Nombre del Museo | Institución | Administración | Región | Resolución de Incorporación | Fecha de Incorporación |
|---|---|---|---|---|---|
| Templo Museo San Juan de Letrán | Ministerio de Cultura | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Buque Museo Yavarí | Asociación Yavarí | Privada | Puno | Resolución Directoral Nacional N° 348/INC | 06/11/1998 |
| Museo Marina Núñez del Prado-Biblioteca Falcón | Ministerio de Cultura | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional Nº 318 - 98/INC | 14/10/1998 |
| Museo de Sitio "El Mirador del Cerro San Cristóbal" | Ministerio de Cultura | Pública | Lima | Resolución Suprema Nº 037-97-ED | 07/05/1997 |
| Museo Comunitario de Villa El Salvador | Centro de Comunicación Popular y Promoción del Desarrollo de Villa El Salvador | Pública | Lima | Resolución Directoral Ejecutiva N° 086 | 19/02/1996 |
| Museo Arqueológico - Antropológico de Apurímac | Ministerio de Cultura | Pública | Apurímac | Resolución Directoral Ejecutiva Nº 350 - 96/INC | 27/06/1996 |
| Museo Monumental de la Municipalidad Distrital de Huaura | Municipalidad Distrital de Huaura | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 285-96/INC | 21/08/1996 |
| Museo Monumental de la Inquisición y del Congreso | Congreso de la República | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 001-96/INC | 14/10/1996 |
| Museo Regional "Daniel Hernández Morillo" | Ministerio de Cultura | Pública | Huancavelica | Resolución Directoral Nacional Nº 002 -96/INC | 15/10/1996 |
| Museo Planetario y Observatorio Astronómico del Morro Solar | Asociación Peruana de Astronomía | Privada | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 003-96 /INC | 18/10/1996 |