| Nombre del Museo | Institución | Administración | Región | Resolución de Incorporación | Fecha de Incorporación |
|---|---|---|---|---|---|
| Sala de Exhibición del Sitio Arqueológico "Tambo Colorado" | Ministerio de Cultura | Pública | Ica | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Templo Museo Nuestra Señora de La Asunción | Ministerio de Cultura | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo de Sitio "Julio C. Tello" de Paracas | Ministerio de Cultura | Pública | Ica | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo Lítico de Pukara | Ministerio de Cultura | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo Regional e Instituto de Arqueología "Dr. Manuel Chávez Ballón" | - | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional N° 491/INC | 08/06/2001 |
| Museo Regional de Arqueología de Junín | Ministerio de Cultura | Pública | Junín | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo de Sitio del Complejo Arqueológico de Cutimbo | Ministerio de Cultura | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo Gráfico "El Peruano" | Editora El Perú-El Peruano | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 823/INC | 10/08/2001 |
| Museo de Sitio Wari Willka | Ministerio de Cultura | Pública | Junín | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Casa Museo Conde de Lemos | Ministerio de Cultura | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |