| Nombre del Museo | Institución | Administración | Región | Resolución de Incorporación | Fecha de Incorporación |
|---|---|---|---|---|---|
| Museo Huauco | - | Privada | Cajamarca | Resolución Directoral Nº 1305/INC | 27/09/2005 |
| Museo "Complejo Histórico Benemérita Guardia Civil del Perú-ACENESPAR GC" | - | Privada | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 276 /INC | 14/04/2004 |
| Museo Aeronáutico del Perú | Fuerza Aérea del Perú | Pública | Lima | RDN N° 593-INC | 06/08/2004 |
| Museo Afroperuano | Consejo Directivo del Museo | Privada | Lambayeque | Resolución Directoral Nacional N° 915 /INC | 23/09/2004 |
| Cementerio Museo Presbítero Matías Maestro | Sociedad de Beneficencia de Lima | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 593/INC | 12/08/2003 |
| Museo del Colegio Militar "Elías Aguirre" | Colegio Militar Elías Aguirre | Pública | Lambayeque | Resolución Directoral Nacional N° 745 /INC | 22/10/2003 |
| Museo Histórico de Ciencias Físicas de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos | Universidad Nacional Mayor de San Marcos | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 1078 /INC | 06/11/2002 |
| Museo Escolar "Los Faicales" | Colegio Nacional Secundario de Menores "Titu Cusi Yupanqui" | Pública | Cajamarca | Resolución Directoral Nacional N° 1095 /INC | 15/11/2002 |
| Museo Leymebamba | Privada | Amazonas | Resolución Directoral Nacional Nº 080- INC | 05/02/2002 | |
| Museo de Sitio de Ancón "Alejando Miró Quesada Garland" | Patronato del Museo de Sitio de Ancón | Privada | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 081 /INC | 05/02/2002 |