| Nombre del Museo | Institución | Administración | Región | Resolución de Incorporación | Fecha de Incorporación |
|---|---|---|---|---|---|
| Museo Histórico de Ciencias Físicas de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos | Universidad Nacional Mayor de San Marcos | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 1078 /INC | 06/11/2002 |
| Museo Escolar "Los Faicales" | Colegio Nacional Secundario de Menores "Titu Cusi Yupanqui" | Pública | Cajamarca | Resolución Directoral Nacional N° 1095 /INC | 15/11/2002 |
| Museo de Sitio de Quinua | Ministerio de Cultura | Pública | Ayacucho | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo de Sitio Huallamarca | Ministerio de Cultura | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo de Sitio Wari | Ministerio de Cultura | Pública | Ayacucho | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo de Sitio Pachacamac | Ministerio de Cultura | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo de Arqueología y Etnografía del Complejo Monumental Belén | Ministerio de Cultura | Pública | Cajamarca | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo General | Ministerio de Cultura | Pública | Pasco | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo Histórico Regional | Ministerio de Cultura | Pública | Cusco | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo de Sitio Huaca Narihualá | Ministerio de Cultura | Pública | Piura | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |