| Nombre del Museo | Institución | Administración | Región | Resolución de Incorporación | Fecha de Incorporación |
|---|---|---|---|---|---|
| Museo Histórico de Ciencias Físicas de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos | Universidad Nacional Mayor de San Marcos | Pública | Lima | Resolución Directoral Nacional N° 1078 /INC | 06/11/2002 |
| Museo Escolar "Los Faicales" | Colegio Nacional Secundario de Menores "Titu Cusi Yupanqui" | Pública | Cajamarca | Resolución Directoral Nacional N° 1095 /INC | 15/11/2002 |
| Museo Regional de Ica "Adolfo Bermúdez Jenkins" | Ministerio de Cultura | Pública | Ica | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Templo Museo San Juan de Letrán | Ministerio de Cultura | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Sala de Exhibición del Sitio Arqueológico "Tambo Colorado" | Ministerio de Cultura | Pública | Ica | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Templo Museo Nuestra Señora de La Asunción | Ministerio de Cultura | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo de Sitio "Julio C. Tello" de Paracas | Ministerio de Cultura | Pública | Ica | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo Lítico de Pukara | Ministerio de Cultura | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |
| Museo Regional e Instituto de Arqueología "Dr. Manuel Chávez Ballón" | - | Pública | Puno | Resolución Directoral Nacional N° 491/INC | 08/06/2001 |
| Museo Regional de Arqueología de Junín | Ministerio de Cultura | Pública | Junín | Resolución Directoral Nacional Nº 852 | 23/08/2001 |